COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-29 17:00:00 1.501747 1.501747 1.776063
2021-06-28 17:00:00 1.749415 1.749415 1.812469
2021-06-27 17:00:00 2.053571 2.053571 1.845926
2021-06-26 17:00:00 1.550990 1.550990 1.876157
2021-06-25 17:00:00 1.775483 1.775483 1.914072
2021-06-24 17:00:00 8.110946 2.053571 1.968082
2021-06-23 17:00:00 1.909140 1.909140 2.034486

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-29 17:00:00 2.795899 2.795899 1.592514
2021-06-28 17:00:00 0.404858 0.089606 1.543337
2021-06-27 17:00:00 1.854220 1.854220 1.553989
2021-06-26 17:00:00 0.905387 0.905387 1.618464
2021-06-25 17:00:00 1.424288 1.424288 1.640816
2021-06-24 17:00:00 3.956479 3.956479 1.677079
2021-06-23 17:00:00 1.792115 1.792115 1.734489

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-29 17:00:00 2.564103 2.564103 4.630502
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 4.526257
2021-06-27 17:00:00 7.971014 7.971014 5.012203
2021-06-26 17:00:00 5.039788 6.884058 5.098199
2021-06-25 17:00:00 2.749141 2.749141 5.187806
2021-06-24 17:00:00 9.210526 9.210526 5.497026
2021-06-23 17:00:00 4.109589 4.109589 5.669790

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-29 17:00:00 1.250000 1.250000 1.698209
2021-06-28 17:00:00 0.724638 0.724638 1.651797
2021-06-27 17:00:00 2.777778 2.777778 1.697828
2021-06-26 17:00:00 2.028509 2.028509 1.879123
2021-06-25 17:00:00 1.817335 1.817335 1.997348
2021-06-24 17:00:00 1.342883 1.342883 2.108018
2021-06-23 17:00:00 2.626421 2.626421 2.213970

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-29 17:00:00 8.527697 8.527697 6.797951
2021-06-28 17:00:00 6.434316 3.377903 7.227224
2021-06-27 17:00:00 6.547209 6.547209 7.423703
2021-06-26 17:00:00 6.036122 8.937368 7.477386
2021-06-25 17:00:00 5.153949 5.153949 7.401024
2021-06-24 17:00:00 7.881773 7.881773 7.533020
2021-06-23 17:00:00 7.580979 7.580979 7.866802

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-29 17:00:00 2.257053 3.699060 4.163547
2021-06-28 17:00:00 8.755130 4.422944 4.335619
2021-06-27 17:00:00 4.903537 4.903537 4.423645
2021-06-26 17:00:00 4.492053 4.492053 4.546633
2021-06-25 17:00:00 4.552716 4.552716 4.602305
2021-06-24 17:00:00 4.828974 4.828974 4.733725
2021-06-23 17:00:00 3.260225 3.260225 4.765526

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-29 17:00:00 1.718582 1.718582 1.328238
2021-06-28 17:00:00 0.826446 0.308960 1.279729
2021-06-27 17:00:00 0.823893 0.823893 1.244430
2021-06-26 17:00:00 1.329601 1.329601 1.247431
2021-06-25 17:00:00 1.936108 1.936108 1.281779
2021-06-24 17:00:00 -0.068666 2.455796 1.316096
2021-06-23 17:00:00 0.903614 0.903614 1.371863

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-29 17:00:00 1.803922 3.333333 2.724575
2021-06-28 17:00:00 3.354839 1.752612 2.746254
2021-06-27 17:00:00 3.647059 3.647059 2.727618
2021-06-26 17:00:00 2.268160 2.268160 2.716046
2021-06-25 17:00:00 3.067071 3.067071 2.799341
2021-06-24 17:00:00 2.784156 2.784156 2.822279
2021-06-23 17:00:00 2.898984 2.898984 2.887737

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-29 17:00:00 0.879917 0.517598 0.710247
2021-06-28 17:00:00 0.000000 2.512563 0.724233
2021-06-27 17:00:00 0.801925 0.801925 0.731875
2021-06-26 17:00:00 0.379687 0.379687 0.788398
2021-06-25 17:00:00 0.682594 0.682594 0.837014
2021-06-24 17:00:00 0.328407 0.807754 0.894566
2021-06-23 17:00:00 0.200401 0.804829 0.968706

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-29 17:00:00 0.891476 0.891476 1.037896
2021-06-28 17:00:00 0.810002 1.071686 1.025268
2021-06-27 17:00:00 1.018313 1.018313 1.036278
2021-06-26 17:00:00 0.804308 0.804308 1.064610
2021-06-25 17:00:00 1.087221 1.087221 1.063488
2021-06-24 17:00:00 1.327737 1.327737 1.103448
2021-06-23 17:00:00 1.179755 1.179755 1.159363

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-29 17:00:00 0.798403 0.798403 1.025751
2021-06-28 17:00:00 0.840336 0.334076 1.081082
2021-06-27 17:00:00 1.340206 1.340206 1.134165
2021-06-26 17:00:00 0.563698 0.563698 1.178226
2021-06-25 17:00:00 1.591187 1.591187 1.277326
2021-06-24 17:00:00 1.336303 1.336303 1.345815
2021-06-23 17:00:00 1.090909 1.090909 1.435604

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-29 17:00:00 0.000000 0.000000 0.648223
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 0.627203
2021-06-27 17:00:00 2.015677 0.808625 0.761317
2021-06-26 17:00:00 1.012658 1.012658 0.840290
2021-06-25 17:00:00 1.036269 1.036269 0.980979
2021-06-24 17:00:00 1.829268 1.829268 1.044832
2021-06-23 17:00:00 0.402414 0.402414 1.072766

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-29 17:00:00 4.060914 4.060914 3.277430
2021-06-28 17:00:00 3.191489 3.191489 3.169439
2021-06-27 17:00:00 1.041667 1.041667 3.243665
2021-06-26 17:00:00 4.123711 4.123711 3.299090
2021-06-25 17:00:00 3.030303 3.030303 3.427498
2021-06-24 17:00:00 2.439024 2.439024 3.467301
2021-06-23 17:00:00 4.830918 4.830918 3.554438

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-29 17:00:00 0.760456 0.760456 0.606949
2021-06-28 17:00:00 0.512821 0.185185 0.631606
2021-06-27 17:00:00 0.245700 0.245700 0.638831
2021-06-26 17:00:00 0.375940 0.375940 0.667817
2021-06-25 17:00:00 1.111111 1.111111 0.710758
2021-06-24 17:00:00 0.650407 0.650407 0.776256
2021-06-23 17:00:00 1.369863 1.369863 0.790165

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-29 17:00:00 0.662535 0.662535 0.863803
2021-06-28 17:00:00 0.504505 1.261261 0.867335
2021-06-27 17:00:00 0.935990 0.935990 0.867115
2021-06-26 17:00:00 0.484357 0.814978 0.869240
2021-06-25 17:00:00 0.695134 0.695134 0.877003
2021-06-24 17:00:00 0.825120 0.825120 0.907161
2021-06-23 17:00:00 1.123348 1.123348 0.940826

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-29 17:00:00 3.478774 3.478774 3.696124
2021-06-28 17:00:00 0.726392 4.681195 3.594112
2021-06-27 17:00:00 5.092593 5.092593 3.652534
2021-06-26 17:00:00 2.939686 2.939686 3.717865
2021-06-25 17:00:00 4.215747 4.215747 3.798516
2021-06-24 17:00:00 2.277657 2.277657 3.900787
2021-06-23 17:00:00 4.538905 4.538905 4.071703

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-29 17:00:00 0.533721 0.533721 0.703577
2021-06-28 17:00:00 0.157729 0.157729 0.700484
2021-06-27 17:00:00 1.126972 1.126972 0.700199
2021-06-26 17:00:00 1.083238 1.083238 0.697309
2021-06-25 17:00:00 0.675261 0.675261 0.683725
2021-06-24 17:00:00 0.694143 0.694143 0.649177
2021-06-23 17:00:00 0.834879 0.834879 0.671542

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-29 17:00:00 2.159215 2.159215 2.806785
2021-06-28 17:00:00 2.615193 2.615193 2.844575
2021-06-27 17:00:00 4.819800 4.819800 2.946690
2021-06-26 17:00:00 2.725933 2.725933 3.043911
2021-06-25 17:00:00 2.558228 2.558228 3.164132
2021-06-24 17:00:00 2.356902 2.356902 3.298414
2021-06-23 17:00:00 3.938185 3.938185 3.334092

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-29 17:00:00 0.389105 0.389105 0.906152
2021-06-28 17:00:00 1.786681 0.762125 0.923870
2021-06-27 17:00:00 0.934330 0.934330 0.957343
2021-06-26 17:00:00 1.200924 1.200924 0.990419
2021-06-25 17:00:00 1.028655 1.028655 1.023107
2021-06-24 17:00:00 1.407365 1.407365 1.044676
2021-06-23 17:00:00 1.082720 1.082720 1.107782

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-29 17:00:00 1.398601 1.398601 2.041824
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 2.056260
2021-06-27 17:00:00 1.395349 1.395349 2.121905
2021-06-26 17:00:00 3.167421 3.167421 2.145572
2021-06-25 17:00:00 3.470032 3.470032 2.215706
2021-06-24 17:00:00 1.927195 1.927195 2.334012
2021-06-23 17:00:00 2.152080 3.440367 2.374991

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-29 17:00:00 1.775148 1.775148 0.989036
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 0.971078
2021-06-27 17:00:00 1.000000 1.000000 1.046464
2021-06-26 17:00:00 0.000000 0.000000 1.101230
2021-06-25 17:00:00 4.854369 1.941748 1.143556
2021-06-24 17:00:00 1.769912 1.769912 1.236616
2021-06-23 17:00:00 1.030928 1.030928 1.277983

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-29 17:00:00 1.843765 1.843765 2.354744
2021-06-28 17:00:00 2.642008 5.019815 2.277976
2021-06-27 17:00:00 2.947224 2.947224 2.232220
2021-06-26 17:00:00 1.870079 1.870079 2.258545
2021-06-25 17:00:00 2.530730 2.530730 2.314631
2021-06-24 17:00:00 1.902174 1.902174 2.350982
2021-06-23 17:00:00 2.323376 2.323376 2.437642

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.795899 2.795899 1.592514
Basilicata 2.564103 2.564103 4.630502
Calabria 1.250000 1.250000 1.698209
Campania 8.527697 8.527697 6.797951
Emilia-Romagna 2.257053 3.699060 4.163547
Friuli Venezia Giulia 1.718582 1.718582 1.328238
Lazio 1.803922 3.333333 2.724575
Liguria 0.879917 0.517598 0.710247
Lombardia 0.891476 0.891476 1.037896
Marche 0.798403 0.798403 1.025751
Molise 0.000000 0.000000 0.648223
P.A. Bolzano 4.060914 4.060914 3.277430
P.A. Trento 0.760456 0.760456 0.606949
Piemonte 0.662535 0.662535 0.863803
Puglia 3.478774 3.478774 3.696124
Sardegna 0.533721 0.533721 0.703577
Sicilia 2.159215 2.159215 2.806785
Toscana 0.389105 0.389105 0.906152
Umbria 1.398601 1.398601 2.041824
Valle d'Aosta 1.775148 1.775148 0.989036
Veneto 1.843765 1.843765 2.354744

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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